生物体在合成蛋白质时，N端首位的甲硫氨酸在蛋白质加工过程中可能被酶切除。本文应用蛋白质测序仪PPSQ-53A测定了发生N-末端部分甲硫氨酸切除的蛋白质类药物重组人粒细胞巨噬细胞刺激因子的N端前16个氨基酸的序列，结果与理论序列一致。除了氨基酸定性，根据信号峰强度，可以粗略估计样品N端甲硫氨酸的缺失比例。以上表明应用PPSQ-53A可以测定N-末端部分甲硫氨酸缺失的蛋白质的N端氨基酸序列。