这篇综述系列地概述了进行当代药物代谢研究实用的和科学的方法，被认为是药物开发和监管文件的良好规范。本部分阐述了应用于药物代谢研究的分析方法，并且评价了这些方法及相关的样品制备的优缺点。这里描述的方法覆盖了传统的放射性标记药物，包括选择适当的放射性同位素及其标记的位置，应用于微剂量的现代放射药代动力学，利用放射性同位素对体内药物的分布进行可视化，目前广泛使用的液相色谱（LC）结合质谱（MS），串联质谱（MS / MS），和核磁共振（NMR）对代谢物的定量检测及其结构表征。尽管现在分析工具的进步足以满足代谢产物的测定，但是适当的体外模型和体内研究仍须精心设计，以了解药物代谢。进行体内药物代谢的研究

目的：研究藤黄酸在大鼠胆汁中代谢物。方法：应用LCMS-IT-TOF 和合成的标准品对代谢物进行研究。结果：藤黄酸在大鼠胆汁中代谢成三个产物，M1、M2 和M3。M1 的结构推测为3,4-二氢藤黄酸，M2 和M3 分别确证为10-羟基藤黄酸和9,10-环氧藤黄酸。结论：藤黄酸在大鼠胆汁中主要存在3 个代谢产物。代谢物M1 是首次被报道的，代谢物M2 和M3 的结构通过与标准品的质谱图和色谱保留时间进行比对而得到确证。

我们在这里描述的是一种运用离子阱（IT）/飞行时间（TOF）杂交质谱对安妥沙星代谢物进行快速鉴定的非常有效的方法。在反相C18 柱上用梯度洗脱分离得到纯化的样品，再以在线IT/TOF 扫描模式检测到安妥沙星及其代谢产物。首先，比较分子量的变化（ΔM），再以分子式预测软件计算化合物的组成成分，然后根据MSn 质谱信息及其诊断碎片离子的准确质量的变化确定生物转化位点，从而鉴定各代谢物的结构。我们运用该方法对安妥沙星的代谢物进行结构鉴定，首次在大鼠体内发现安妥沙星的六个代谢产物。

经过多次级联代谢的化合物的鉴定是一个巨大的挑战。松果菊苷（ECH），一典型的苯乙醇苷，含有多个不稳定的化学键和高反应活性官能团，这些官能团易受降和代谢的多种途径的影响，从而导致其代谢产物的鉴定十分困难。本文提出了一个全的方法：使用液相色谱离子阱飞行时间质谱(LC/MS-IT-TOF)快速识别复杂的、未知的ECH 代谢物。通过“碎片-降解”的比较，快速识别了4 种降解产物；通过比较他们的准分子离子与潜在的前体离子的质量数差异，快速表征了5 种I 相和II 相降解产物的代谢物；通过分析母体化合物和代谢产物之间分子离子质量的差异，鉴定了4 种I 相和II相母体化合物的直接代谢

中药代谢物的研究是一项艰巨的任务，由于中药组分复杂、代谢途径多样、以及缺少标准物质，使得该研究仍处于初级阶段。当前的研究工作主要是使用液相色谱-离子阱/飞行时间质谱联用仪建立了一种对中药组分的代谢物进行鉴定和分类的方法平台。本文以五味子木脂素提取液为例，进行了体内和体外代谢研究。体外研究中，5 种五味子木脂素的代谢物被识别并进行了结构鉴定。主要的代谢途径归纳为去甲基化、羟基化、以及同时去甲基化和羟基化。体内研究中，44 种代谢物在大鼠尿液中被检测到。根据体外研究的五味子木脂素的代谢规律，这些代谢物被快速鉴定并进行了有效的分类。羟化代谢被确定是木脂素在大鼠尿液中的主要代谢途径。另外，依据0~12

本文报道了使用离子阱/飞行时间串联质谱（IT-TOF）进行准确质量数测定，鉴定抗菌异长春花苷内酰胺的代谢物。第一步，大鼠单次口服50 mg/kg 的异长春花苷内酰胺，然后使用HPLC 分离、IT-TOF 分析大鼠胆汁的母体药物和代谢产物。第二步，使用质量亏损过滤技术来发现质谱中的代谢产物，该技术基于已知的质量亏损范围，使得高分辨质谱应用于药物代谢物的检测成为可能。第三步，根据精确质量数差异、母体药物和代谢物的裂解图可以推断出代谢物的结构。结果显示，老鼠胆汁中鉴定出5 个代谢产物，并且所有的代谢产物均为首次报道。