本文使用三重四极杆液质联用仪结合第三代细胞培养分析方法包建立了半定量分析抗生素发酵液成分的方法，采集不同时间发酵液中144种化合物的相对含量，采用多组学整合分析工具Multi-omics绘制不同类别化合物含量变化趋势，用于判断发酵液成分含量的变化对抗生素产量的影响。该方法可在17 min内完成144种化合物的分析，分析速度快、灵敏度高、抗干扰能力强，适合发酵液中糖类、氨基酸类、核苷类和维生素类等化合物的快速检测。

本文采用岛津超快速液相色谱仪(UFLC)和电喷雾电离－离子阱－飞行时间串级质谱仪(LCMS-IT-TOF)联用定性检测出氯噻酮样品中的杂质。对氯噻酮和杂质进行多级质谱分析，根据多级质谱裂解规律推导出了杂质的结构式。

以蛋白为基础的疫苗涵盖百日咳、白喉、破伤风、百白破疫苗、HPV疫苗、乙肝疫苗、甲肝疫苗、丙肝疫苗、脊灰疫苗、轮状疫苗、EV71疫苗、流感疫苗等。本文集以百白破疫苗为例，系统介绍了从该类疫苗的菌种培养-抗原蛋白发酵-抗原蛋白纯化-抗原蛋白脱毒，到最后的疫苗成品等全过程中，LC-MS/MS、激光粒度仪、电子探针、GC等产品所发挥的作用。本文所介绍的方法以百白破为例，但不局限于百白破，可举一反三到其它蛋白类疫苗，也可用于以百白破为基础的联合疫苗，如百白破-Hib疫苗、百白破-IPV疫苗、百白破-Hib-IPV疫苗等。