超临界流体色谱法(SFC)因采用非极性超临界二氧化碳作为流动相，长期以来被认为难以应用于高极性化合物寡核苷酸的分离分析。然而，先前一项研究”发现4聚体DNA可应用于SFC。本研究探讨了SFC在4聚体以上寡核苷酸中的适用性。此外，为评估SFC的分离行为，我们将其应用于脱氨寡核苷酸的分离，这类物质即使采用现有的离子对反相色谱法(IP-RPLC)也难以实现有效分离。考虑到SFC将用于寡核苷酸合成后的纯化过程，我们分别采用带有二甲氧基三苯甲基(DMTr)保护基团和未带保护基团的序列作为样品。

本文采用岛津生物兼容液相色谱仪Nexera Bio，通过将紫外检测器和示差折光检测器串联，计算得到PEG修饰酶蛋白的PEG平均修饰度。同时，采用多角度光散射检测器对PEG修饰酶蛋白的分子量进行分析，结果与PEG平均修饰度计算得到分子量偏差为7.10%，进一步验证了PEG平均修饰度计算结果的准确性。

本文建立了一种基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）分析寡核苷酸钠盐分布的方法。通过对单链寡核苷酸引物样品进行加钠处理，分别采用高效液相色谱-质谱（HPLC-MS）与MALDI-TOF-MS进行分析。结果表明，HPLC-MS仅检测到未加盐的单一组分，而MALDI-TOF-MS能够清晰识别加钠后的钠盐分子，且加钠的数目从0~19不等，分布随加盐条件变化。该方法较HPLC-MS具有更高的灵敏度与适应性，能够有效检测寡核苷酸钠盐的分布特征。以反义寡核苷酸药物福米韦森钠为例，MALDI-TOF-MS检测结果显示，福米韦森钠的主体钠盐形式为加合0~3个钠，且基质对检测结果无显著影响