由于核酸药物是在生物反应作用机制的上游发挥作用，不良反应相对较少，而被视为治疗多种疾病的有希望的药物，因此利用质谱对核酸分析进行表征是目前备受关注的研究方向。尽管高分辨率及高精度的ESI质谱仪能够对核酸的质量进行准确测定，但使用ESI质谱仪进行常规寡核苷酸序列分析仍依然存在困难。使用经典的ESI-MS/MS技术很难获得完整的内部寡核苷酸序列。另一方面，据报道使用MALDI-TOFMS的In Source decay (ISD)是核酸序列分析的一种有用的方法，尽管该仪器的性能不像ESI质谱仪一样可以对核酸的质量进行准确测定。本文将介绍使用LCMS‐9030（ESI‐QTOF）和MALDI‐8030（配备双极性台式线性MALDI‐TOFMS）进行核酸表征的案例。