以蛋白为基础的疫苗涵盖百日咳、白喉、破伤风、百白破疫苗、HPV疫苗、乙肝疫苗、甲肝疫苗、丙肝疫苗、脊灰疫苗、轮状疫苗、EV71疫苗、流感疫苗等。本文集以百白破疫苗为例，系统介绍了从该类疫苗的菌种培养-抗原蛋白发酵-抗原蛋白纯化-抗原蛋白脱毒，到最后的疫苗成品等全过程中，LC-MS/MS、激光粒度仪、电子探针、GC等产品所发挥的作用。本文所介绍的方法以百白破为例，但不局限于百白破，可举一反三到其它蛋白类疫苗，也可用于以百白破为基础的联合疫苗，如百白破-Hib疫苗、百白破-IPV疫苗、百白破-Hib-IPV疫苗等。