随着肠道菌群研究的兴起，对肠道菌群产生成分的分析引起了人们的关注，而这些成分之一就是胆汁酸。胆汁酸是具有胆酸骨架化合物的通称，是一种类固醇衍生物，通常使用LC-MS/MS对其进行分析。但是，许多化合物的分子结构相似，为了实现更好的分离，在很多情况下也使用GC-MS。利用GC-MS分析胆汁酸时，必须对亲水性侧链（例如羧基和羟基）进行衍生化，以确保挥发性。本文介绍了通过对羧基进行甲基化以及对羟基进行三甲基硅烷（TMS）化，来对胆汁酸进行定量分析的示例。在该示例中， 22种胆汁酸化合物的线性范围在100倍以上以及线性相关系数R2＞0.995。

糖类物质极性高、难挥发、热不稳定，其中寡糖和多糖还具有相对分子质量分布发散的性质,其质谱表征比较困难。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)灵敏、快速，对杂质的包容性强、分析的质量范围大，能够对糖类尤其是非衍生化糖进行直接分析。本文应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱以DHB（2,5-二羟基苯甲酸）为基质，对未衍生化的寡糖进行了分析，直接给出了寡糖样品分子量的分布、重复单元结构和离子峰的结构信息。

使用岛津超快速液相色谱UFLCXR和新一代单四极杆质谱LCMS-2020，15分钟内分离并鉴定了枯草杆菌肽发酵液中7种主要成分，其中2种美国药典未收录。主成分bacitracin A出峰时间较药典方法提高了4倍之多，且分离度未下降。