本文采用岛津LCMS-9030飞行时间高分辨液质联用仪对牛血清白蛋白(BSA)进行鉴定研究，并结合岛津LabSolutions和pFind软件对BSA酶解肽段进行匹配打分。结果显示，在胰蛋白酶酶切的情况下，使用两种计算软件对BSA二级结构确认的匹配度分别为82.4%和85.7%。利用Byonic软件对肽段上的修饰基团进行解析，结果显示，除固定修饰乙酰胺化外，BSA仅存在少量的N-脱酰胺（Deamidated）等可变修饰。该方法快速、准确，分析精确度高，为蛋白类样品的肽质谱图分析提供参考。

N端焦谷氨酸环化封闭类单克隆抗体药物因N端缺乏自由的α氨基，不能通过Edman降解法直接进行N端测序。本文以帕尼单抗为例，加入焦谷氨酸氨肽酶切除环化的焦谷氨酸后，测定重链N端前15个氨基酸序列，与理论信息一致，表明对N端焦谷氨酸环化封闭类样品进行去焦谷氨酸环化处理后，应用PPSQ-53A可以测定N端氨基酸序列。

本文建立并验证了使用岛津超高效液相色谱仪LC-30A和三重四极杆质谱仪LCMS-8060联用测定ob/ob小鼠血浆中CMPF代谢物及其类似物的方法。ob/ob小鼠血浆样品采用乙腈蛋白沉淀前处理方式进行制备。采用同位素3-羧基-4-甲基-5-丙基-2-呋喃丙酸-d5（CMPF-d5）内标法建立CMPF的绝对定量方法，对血浆样品标准曲线回归分析，使用扣除内源性含量后回归标线对实际血浆样品含量测定，对提供质控样品做精密度考察；其他类似物的定量根据内标CMPF-d5的峰面积做相对定量分析。该方法具有分析速度快、灵敏度高、重复性好的特点，能够满足ob/ob小鼠体血浆中CMPF及类似物浓度定量的要求，为o